La arqueología no ha aportado pruebas de ocupación prehistórica o celta. La presencia romana ha sido confirmada por el descubrimiento de monedas, un sello de oculista y un horno de alfarero.
Fontaines aparece mencionada por primera vez en 939, cuando Hugues le Grand, padre de Hugues Capet, concede una carta a la abadía de Saint Julien de Tours " in villa quae dicitur Fontanae, ubi residebat dominus Hugo, venerabilis comes" (en la villa llamada Fontaines donde residía el señor Hugues,...