Además de la presencia de especies exóticas procedentes de los 4 rincones del mundo, esta extraordinaria biodiversidad se explica por la presencia de una gran variedad de ambientes, pero también por el hecho de que el río se encuentra en la encrucijada de varias zonas biogeográficas: atlántica, mediterránea y continental.
En los fangales y los cauces de bueyes se encuentran especies acuáticas y anfibias, como las algas de estanque (Potamogeton natans, etc.), las umbelíferas (Butomus umbellatus) y las espadañas (Typha angustifolia y T. latifolia).
En las marismas húmedas expuestas en verano se observan plantas bajas o postradas, entre las que destacan el coquillo de Micheli (Cyperus michelianus), el coquillo pardo (Cyperus fuscus) y la limosella (Limosella aquatica).
En las arenas gruesas de las orillas, se desarrolla una vegetación muy rala de uchuva (Chenopodium rubrum, Ch. ambrosoides, Ch. glaucum, Ch. botrys, etc.).
En los prados, entre las especies más emblemáticas se encuentran la alondra común (Fritillaria meleagris) y la orquídea de flores sueltas (Orchis laxiflora), joyas primaverales que tiñen los prados de granate.
Por último, los bosques aluviales, los bosques de ribera, están dominados por fresnos: el fresno alto (Fraxinus excelsior) y el fresno de hoja estrecha (F. angustifolia).
Fuentes: Misión Val de Loire: «Flore et végétation de la vallée de la Loire» (1982), Robert Corillion